โรงเรียนอนุบาลประปานคร จัดตั้งตามมติที่ประชุมสมัยสามัญสมัยแรก ประจำปี ๒๕๕๕ เมื่อวันศุกร์ที่ ๑๗ กุมภาพันธ์ พุทธศักราช ๒๕๕๕ ของสมาชิกสภาเทศบาลนครนครปฐม เปิดทำการสอนครั้งแรก เมื่อวันจันทร์ที่ ๑๔ พฤษภาคม พุทธศักราช ๒๕๕๕ เปิดสอนระดับชั้นอนุบาล ๑ โดยมีคุณครูสอนระดับชั้นอนุบาล ๑ จำนวน ๒ คน มีนักเรียน ๓๐ คน ใช้อาคารเรียนของศูนย์พัฒนาเด็กประปานคร เป็นที่ทำการเรียนการสอนชั่วคราว ระเบียบ หนังสือกระทรวงมหาดไทยที่ มท.๐๓๑๒.๑/ว ๑๖๔๒ ลงวันที่ ๓๑ พฤษภาคม พุทธศักราช ๒๕๓๗ เรื่องแนวทางปฏิบัติเกี่ยวกับการจัดตั้ง การรวมและล้มเลิกโรงเรียนเทศบาลเมืองพัทยา โดยมีบุคลากรดำเนินการ ดังนี้ ๑. นางสุชาดา สุขกิจ ตำแหน่งครูผู้ดูแลเด็กเล็ก รักษาราชการในตำแหน่งผู้ช่วยหัวหน้าศูนย์พัฒนา เด็กประปานคร ทำหน้าที่รักษาการ ตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนอนุบาลประปานคร และเป็นนครูประจำชั้นอนุบาล ๑ ๒. นางสาวฐานิศวร์ แก้วนิมิตรชัย ตำแหน่งผู้ดูแลเด็กเล็ก ศูนย์พัฒนาเด็กประปานคร ทำหน้าที่ช่วยสอน
        ต่อมาเทศบาลนครนครปฐมมีคำสั่งที่ ๑๐๖๓/๒๕๕๕ ลงวันที่ ๙ ตุลาคม ๒๕๕๕ แต่งตั้งนายกฤษพงศ์ ดำริห์ ผู้อำนวยการวิทยาลัยอาชีวศึกษาเทศบาลนครปฐม รักษาการในตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนอนุบาลประปานคร เลขที่ตำแหน่ง ๓๒๘๙๗-๑ ตั้งแต่วันที่ ๑๕ ตุลาคม ๒๕๕๕ และในวันที่ ๒๘ กุมภาพันธ์ ๒๕๕๖ เทศบาลนครนครปฐมมีคำสั่งเลขที่ ๑๙๗/๒๕๕๖ ลงวันที่ ๒๘ กุมภาพันธ์ ๒๕๕๖ แต่งตั้ง นางอาทิตยา ศกุนะสิงห์ เลขที่ตำแหน่ง ๓๒๘๙๗-๑ เป็นผู้อำนวยการสถานศึกษา โรงเรียนอนุบาลประปานครเป็นคนแรก ตั้งแต่ วันที่ ๑ มีนาคม ๒๕๕๖ เป็นต้นไป